論文集
Publications
論文集
日本からのピックアップ論文
|
装置▼
|
キーワード▼
|
日本/海外▼
|
発行年▼
|
発行月 | タイトル | 日本語概要 | メモ |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
Hyperion |
Covid-19, 好中球、CD8 T細胞 |
海外 |
2023 |
11 | [NEW] Single cell spatial analysis reveals
inflammatory foci of immature neutrophil
and CD8 T cells in COVID-19 lungs
|
COVID-19患者の肺におけるシングルセル空間解析は、細胞浸潤と微細構造の歪みのために困難とされています。筆者らは、37項目のイメージングマスサイトメトリーで同定した免疫細胞と構造的細胞の共局在を検索するための数学的ツールを開発しました。このバイアスの無い方法での解析の結果、未熟な好中球とCD8+ T細胞の炎症病巣が肺胞前駆細胞の局在と関連していることがわかりました。CyTOFによる高精度なイメージング解析は、COVID-19の空間解析に有力なツールだと示されています。 |
37項目、空間解析、UMAP、Single Cell Segmentation |
Hyperion |
抗がん剤E7130 |
日本 |
2023 |
10 | Amelioration of Tumor-Promoting Microenvironment via Vascular Remodeling and CAF Suppression using E7130: Biomarker Analysis by Multi-modal Imaging Modalities |
新規抗がん剤のE7130 はがん関連線維芽細胞 (CAF) を抑制することにより、腫瘍微小環境 (TME) の腫瘍促進側面も改善します。微小管動態の阻害に加えて、E7130 はがん関連線維芽細胞 (CAF) を抑制することにより、腫瘍微小環境 (TME) の腫瘍促進側面も改善します。腫瘍血管系のリモデリングを促進します。ここでは、CyTOF及び、多重免疫組織化学 (IHC) 分析、磁気共鳴画像法 (MRI) などのマルチイメージングモダリティを使用して、E7130 による TME の改善を実証します。TME 中の多数の CAF を特徴とする実験的固形腫瘍は E7130 で治療されました。エーザイ株式会社、筑波大、国がんセンターらの報告です。 |
腫瘍微小環境 (TME) 、血漿バイオマーカー |
Helios |
antigen specificity、CD8+ T cells、 CITE-seq
|
海外 |
2023 |
10 | In-depth analysis of human virus-specific CD8+ T cells delineates unique phenotypic signatures for T cell specificity prediction |
ウイルス感染後、ヒトの免疫系のウイルス特異的な T 細胞応答を特徴付けについて、高次元質量を使用して、114 人の健康なドナーと 55 人のがん患者からの末梢血サンプル中の CMV、EBV、インフルエンザ、および SARS-CoV-2 由来の抗原に結合する CD8 + T 細胞の詳細なプロファイリングをサイトメトリーおよび単一細胞 RNA シーケンスを用いて実施しています。機械学習を使用して、抗原特異的 T 細胞の表現型の特徴を抽出し、T 細胞の表現型から抗原特異性を正確に予測できることを示唆しています。 |
33項目 |
Hyperion |
ICI, 潰瘍性大腸炎
|
海外 |
2023 |
9 | Highly multiplexed spatial analysis identifies tissue-resident memory T cells as drivers of ulcerative and immune checkpoint inhibitor colitis |
異なるタイプのICI関連大腸炎および潰瘍性大腸炎に浸潤する免疫細胞、特にT細胞を特徴付けるため、Imaging Mass Cytometryが用いられています。 |
32項目 |
Helios |
多発性硬化症 |
海外 |
2023 |
9 | Extended interval dosing of ocrelizumab modifes the repopulation of B cells without altering the clinical efcacy in multiple sclerosis
|
CyTOFを用いて、オクレリズマブの標準投与または拡張間隔投与後の多発性硬化症（MS）患者サンプルの循環免疫細胞のプロファイリングを行い、オクレリズマブ未治療のMS患者サンプルの結果と比較しています。
また、オクレリズマブの標準投与または拡張間隔投与が、B細胞の再増殖に影響を与えるかどうか調べています。
|
38項目 |
Helios |
多段階イメージング |
海外 |
2023 |
9 | A novel process for H&E, immunofluorescence, and imaging mass cytometry on a single slide with a concise analytics pipeline |
イメージングマスサイトメトリー（IMC）をより高解像度で広範囲に解析できるよう、①マルチプレックス免疫染色 → ②HE染色 → ③金属標識抗体・Cell Segmentation Staining・RNAscopeを用いたIMC → ④DeepCellの機械学習によるセルセグメンテーション → ⑤IMACytEによる空間発現解析、という多段階イメージングと解析のパイプラインを開発しました。 |
・蛍光免染 4項目 ・RNAscope 12項目 ・IMC抗体 20項目＋Cell Segmentation Kit 3項目 |
Helios |
循環腫瘍細胞（CTC） |
海外 |
2023 |
9 | Feasibility of mass cytometry proteomic characterisation of circulating tumour cells in head and neck squamous cell carcinoma for deep phenotyping |
頭頸部扁平上皮癌（HNSCC）は、唾液腺、口、喉頭、および顔の皮膚の組織から発生する癌の一種で、HNSCCにおける 循環腫瘍細胞（CTC） の高次元単一細胞マスサイトメトリー プロテオーム解析を行っています。マスサイトメトリーは、CTC を検出し、細胞の表現型を特徴付ける点で、バルク RNAseq よりも優れた性能を発揮し、新規バイオマーカー開発および免疫チェックポイント阻害剤治療層別化の可能性を持つ一般的な CTC サブグループを同定できることを実証しています。 |
IL-17、mregDC、Treg |
Helios |
多発性骨髄腫 |
海外 |
2023 |
9 | Immunophenotypic correlates of sustained MRD negativity in patients with multiple myeloma |
多発性骨髄腫患者の骨髄単核球(BMMC)において、CyTOFを用いて、レナリドミド治療前および治療後の骨髄微小環境のプロファイリングを行っています。 |
骨髄単核球, 19項目 |
Helios |
腫瘍関連マクロファージ |
海外 |
2023 |
9 | AXL-initiated paracrine activation of pSTAT3 enhances mesenchymal and vasculogenic supportive features of tumor-associated macrophages |
腫瘍関連マクロファージ（TAM）および肺の腫瘍微小環境の他の細胞型におけるAXL-STAT3シグナル伝達の活性化を評価するため、肺腺癌患者13名、肺扁平上皮癌患者1名、多形癌患者1名に由来する15の肺腫瘍の単一細胞におけるプロテオミクスプロファイリングを実施するため、CyTOFが用いられています。 |
シグナル伝達 |
Helios |
糖尿病性角膜症 |
海外 |
2023 |
9 | CyTOFを用いて、21週齢の糖尿病マウスおよび非糖尿病マウスの角膜において、41個の免疫関連マーカーのパネルを用い、糖尿病性角膜の免疫学的変化を分析しています。 |
CyTOFを用いて、21週齢の糖尿病マウスおよび非糖尿病マウスの角膜において、41個の免疫関連マーカーのパネルを用い、糖尿病性角膜の免疫学的変化を分析しています。 |
41項目 |
Hyperion |
淡明細胞型腎細胞癌 |
海外 |
2023 |
8 | Characterization of papillary and clear cell renal cell carcinoma through imaging mass cytometry reveals distinct immunologic profiles |
Imaging Mass Cytometry技術を用い、淡明細胞型腎細胞癌(ccRCC)および乳頭状腎細胞癌(pRCC)の両方において、腫瘍間質マーカーと免疫マーカーの 11項目のパネルを使用して、腫瘍微小環境(TME)の免疫細胞集団を特徴付け、TMEコンパートメントにおける細胞の関係性を評価および定量化しています。 |
11項目 |
Hyperion |
検出手法開発 |
海外 |
2023 |
8 | DNA-barcoded signal amplification for imaging mass cytometry enables sensitive and highly multiplexed tissue imaging |
IMCの実験においては、金属標識された抗体を用いて染色を行いますが、発現が低いタンパクの検出においては、いくつかのシグナル増強法が発表されています。 |
38 marker |
Hyperion |
ミトコンドリア、パーキンソン病、 |
海外 |
2023 |
8 | Parkinson’s disease neurons exhibit alterations in mitochondrial quality control proteins |
ミトコンドリアの機能不全がパーキンソン病の発症と進行に深くかかわることは、筆者らが前年にも報告しているのですが、そのメカニズムの詳細はまだまだ研究途中な部分が多くあります。 |
27 marker |
Hyperion |
ミスマッチ修復機能欠損結腸がん, IMC＋MSI |
海外 |
2023 |
8 | Integration of Mass Cytometry and Mass Spectrometry Imaging for Spatially Resolved Single Cell Metabolic Profiling |
“空間オミクス解析の技術は様々なものがありますが、現在は、それらの技術を統合することでさらなる知見を得ることが可能になってきています。 |
23項目 |
Hyperion |
淡明細胞型腎細胞癌 |
海外 |
2023 |
7 | heterogeneity of tumor microenvironment influences the prognosis of clear cell renal cell carcinoma |
Imaging Mass Cytometry 技術を用い、組織構造、免疫細胞や免疫活性に関与する 17項目のパネルを使用して、淡明細胞型腎細胞癌（ccRCC）および癌傍組織の腫瘍微小環境ランドスケープをプロファイルしています。 |
17項目＋Cell segmentation kit |
Helios |
胃癌, 印環細胞癌（Gastric signet ring cell carcinoma（GSRCC） |
海外 |
2023 |
7 | Single-Cell Profiling of Tumor Immune Microenvironment Reveals Immune Irresponsiveness in Gastric Signet-Ring Cell Carcinoma |
印環細胞癌（Gastric signet ring cell carcinoma; GSTCC）は胃癌の一つであり、効率的な治療法がありません。筆者らは、腫瘍免疫微小環境（TIME）の変化を理解し、メカニズムを深く解明するため、CyTOFを使って網羅的にバイアスなく解析した結果、GSTCCの疲労したCD8 T細胞が減少していたことがわかりました。また、CD8細胞に注目すると、GSTCCのTIMEのケモカインCXCL13も減少し、CXCL13を経由する免疫応答ができなくなり、GSTCCが悪化した原因と示唆されました。 |
40項目, UMAP解析 |
Helios |
幹細胞、骨髄異形成症候群（MDS） |
海外 |
2023 |
7 | Dissecting the cell of origin of aberrant SALL4 expression in myelodysplastic syndrome
|
SALL4は骨髄異形成症候群（MDS）の患者に高度発現しているが、メカニズムは未知のままです。筆者らは、造血幹細胞から免疫細胞まで各段階の幹細胞を深く見るため、27マーカーの発現をCyTOFで使って解析し、その結果、MDS患者のSALL4が造血幹細胞の早い段階から高度発現し、免疫細胞になってから下がることがわかりました。また、p53などMDSに関するがんマーカーは、SALL4が発現している細胞では発現量が増加し、FlowSOM解析によりSALL4とp53の両方を発現している新しい特定の幹細胞集団を発見し、メカニズムの解明に重要な役割を果たすと示唆されました。CyTOFは多項目を同時測定できる特長から、新しい集団を発見するのに有利な手段だと示唆されました。熊本大学の立津先生の論文です。 |
表面抗原 22項目, 細胞内抗原 5項目, FlowSOM解析 |
Helios |
関節リウマチ |
海外 |
2023 |
7 | [Preprint] Deep immunophenotyping reveals circulating activated lymphocytes in individuals at risk for rheumatoid arthritis |
関節リウマチ (RA) は全身性の自己免疫疾患であり、現在、普遍的に非常に効果的な予防戦略はありません。効果的な予防戦略を確立するには、臨床疾患の発症前に「リスクにさらされている」集団の病原性免疫表現型を特定することが重要です。ここでは、マスサイトメトリーを適用して、シトルリン化タンパク質抗原（ACPA）および/または一等親族（FDR）ステータスに対する血清抗体の存在によって特定されたリスクのある個人の血液中の免疫表現型を深く特徴付けました。 |
|
Helios |
aAVCワクチン |
日本 |
2023 |
7 | Combination of cancer vaccine with CD122-biased IL-2/anti-IL-2 Ab complex shapes the stem-like effector NK and CD8+ T cells against tumor |
白血病マウスモデルに対して、人工アジュバントベクター細胞（aAVC）ワクチンとサイトカインIL-2の併用療法によって著しい抗腫瘍効果が得られることを発見しました。この抗腫瘍効果のメカニズムを明らかにするため、マウスのNK細胞とCD8陽性T細胞をマスサイトメトリーで解析し、併用治療によって幹細胞様記憶免疫細胞が誘導されていることがわかりました。理化学研究所の免疫細胞治療研究チームから発表されました。 |
・マウス脾臓および骨髄 ・36項目 |
Hyperion |
Aging、cellular senescence, 空間解析、Review |
海外 |
2023 |
7 | Spatial mapping of cellular senescence: emerging challenges and opportunities |
細胞老化は様々な病気に関連することが報告されていますが、老化細胞の研究では特定のマーカーが存在しない、組織内の存在量が少ない、不均一性が大きいことなど研究において多くの課題あるとされています。しかし、昨今のシングルセル解析技術の発展により、老化細胞の特性評価などが可能となってきました。また、老化細胞は近傍の細胞とコミュニケーションを行うことでその機能などにも影響を与えることがわかっており、シングルセル解析の中でも特に組織空間解析が非常に重要と考えられています。この文献では、老化細胞の研究における、組織内空間解析のいくつかの方法論、また、老化細胞を検出する際に使用されるDL手法や、検出における課題などをまとめてあります。老化細胞研究からの視点でIMC以外にも様々な技術の利点・難点などをまとめ、さらに、解析手法もまとめてありますが、様々な研究に役立つ文献となっています。 |
|
Helios |
骨、セノリティクス |
海外 |
2023 |
7 | Multiparametric senescent cell phenotyping reveals targets of senolytic therapy in the aged murine skeleton |
老化を研究する上で、老化マーカーであるp16Ink4aとp21cip1をコードする遺伝子は複数の転写産物バリアント持ち、p16Ink4aなどの主要な老化マーカーではmRNAとタンパク質の発現差が見られ、シングルセルmRNA-seqで解析するのに課題があったため、シングルセルのタンパク質プロファイリングが可能なCyTOFを利用しています。また、CyTOFのマルチパラメーター解析を活かし、p16やp21以外にもKi67-/BCL-2+を追加することでより正確な老化細胞を定義できました。そして、どの骨細胞集団に加齢による老化細胞が多くあるかをt-SNEおよびFlowSOMで解析すると、CD24高発現の骨系細胞が炎症性老化細胞であり、老化細胞除去薬（セノリティクス）のターゲットであることを示しています。 |
37項目、 マウス骨髄間質細胞（BMSC） |
Helios |
神経膠芽腫 |
海外 |
2023 |
6 | Enhanced T cell effector activity by targeting the Mediator kinase module |
CyTOFを用いて、イソクエン酸脱水素酵素が野生型の腫瘍において、脳室に接する神経膠芽腫（GBM）におけるT細胞チェックポイント受容体発現の上昇と、豊富な、特異的 CD32+ CD44+ HLA-DR hi マクロファージ集団が同定されました。 |
GBM |
Hyperion |
上咽頭がん |
海外 |
2023 |
6 | Single-cell analysis reveals the multiple patterns of immune escape in the nasopharyngeal carcinoma microenvironment |
上咽頭がん（NPC）の不均一性と免疫逃避機構に迫るため、scRNA/snRNA-seqによるトランスクリプトーム解析と、Imaging Mass Cytometry（IMC）によるシングルセルの空間的特徴の解析を行いました。その結果、NPCの複数パターンの免疫逃避機構があることがわかりました。そのひとつとして、NPCの微小環境で非悪性の過形成性上皮細胞が腫瘍巣に隣接するために免疫細胞が浸潤できないことがIMCによって示されています。 |
・ヒト上咽頭がんFFPE切片 ・28項目 |
EP1 |
アジア栽培イネ |
日本 |
2023 |
6 | Development of 12 sets of chromosome segment substitution lines that enhance allele mining in Asian cultivated rice |
アジア栽培イネにおける農業形質の遺伝的多様性を網羅的に解析するため、ジャポニカ種を背景とする12セットの染色体断片置換系統（CSSL）を開発しました。これを用いて、アジア栽培イネにおける7つの農業形質に対する1079の量的形質座位（QTL）の染色体位置を調べる際、イルミナ社GoldenGate Assayおよび弊社SNP Type Assayを使用しています。農研機構のグループから発表されました。 |
・イネ ・96.96 IFC ・SNP Type Assay |
Biomark |
肺動脈性肺高血圧症 |
海外 |
2023 |
6 | Serum and Tissue miRNA Expression Profiles of Pediatric Pulmonary Hypertensive Patients |
[Preprint] |
・ヒト小児血液および肺高血圧症患者心臓組織サンプル ・96.96 IFC ・インターカレーター式アッセイ |
Helios |
補体 |
海外 |
2023 |
6 | Mass cytometric analysis of the immune cell landscape after traumatic brain injury elucidates the role of complement and complement receptors in neurologic outcomes |
外傷性脳損傷（TBI）後のさまざまな時点での脳の免疫細胞の状態を特徴付けるため、CyTOFを用いて、末梢における免疫細胞や脳常在免疫細胞を含む13種類の免疫細胞を同定し、これらの細胞上のさまざまな補体受容体および食細胞受容体の発現を評価しています。 |
マウス 33項目 バーコーディング |
Helios |
がん免疫 |
海外 |
2023 |
6 | Transcriptional control of pancreatic cancer immunosuppression by metabolic enzyme CD73 in a tumor-autonomous and -autocrine manner |
CD73阻害によって誘発される腫瘍微小環境の変化を評価するために、低分子CD73阻害剤のAB680で治療したマウスと治療しなかったマウスの同所性腫瘍における腫瘍浸潤免疫細胞の解析にCyTOFが用いられています。 |
マウス 同所性腫瘍移植 |
Helios |
Th1型Treg、自己免疫 |
海外 |
2023 |
6 | A genetic method specifically delineates Th1-type Treg cells and their roles in tumor immunity |
制御性T細胞（Treg）サブセットの一つであるTh1型Treg細胞の役割を明らかにするため、任意の免疫細胞集団を除去できるように開発したVeDTRマウスでT-bet+ Foxp3＋ 細胞を解析しました。腫瘍組織内の免疫細胞集団の変化を網羅的にバイアスなく見るためにCyTOFが使われ、Th1型Treg除去により特定の細胞集団の比率が増加しており、抗腫瘍Th1免疫応答の増強が示唆されました。また、Th1型Tregを選択的に除去した場合は全Treg除去と同等の腫瘍増殖抑制効果がありながらも、致死的な自己免疫反応を伴わないことが示されました。大阪大学の山本雅裕先生のグループから発表された論文です。 |
"・表面抗原 32項目 ・細胞内抗原 8項目 ・CD45バーコード 4種類" |
Helios |
肝細胞癌 |
海外 |
2023 |
6 | CD38 marks the exhausted CD8+ tissue-resident memory T cells in hepatocellular carcinoma |
肝細胞癌（HCC）の腫瘍微小環境（TME）におけるCD38の役割を解明するため、17人のHCC患者サンプルのCD38発現白血球に注目してCyTOFで解析しました。その結果、CD38+ TILとしてCD8+ T細胞を同定し、TILのCD8+ TRMではNILよりもCD38の発現が有意に高く、CD38と疲弊マーカーのPD-1およびCTLA-4が相関することを見出しました。これはCD38がT細胞疲弊の重要なマーカーであり、HCCにおける細胞傷害性T細胞の機能回復のための治療標的の可能性を支持するものです。 |
"41項目（表面抗原＋細胞内抗原＋バーコーディング）、 HCC患者の末梢血由来PBMC・肝腫瘍組織由来TIL・隣接非腫瘍組織由来NIL" |
Helios |
胎盤 |
海外 |
2023 |
5 | Single cell profiling at the maternal-fetal interface reveals a deficiency of PD-L1+ non-immune cells in human spontaneous preterm labor |
正期産および早産の自然分娩後に maternal–fetal interface (MFI) で起こる細胞の変化をより深く理解するために、CyTOFを用いて、単一細胞レベルで、MFIに存在する母体および胎児の細胞のプロファイリングを行っています。 |
32項目 |
Helios |
1型糖尿病、好酸球、内分泌 |
海外 |
2023 |
5 | Investigating immune profile by CyTOF in individuals with long‑standing type 1 diabetes |
1型糖尿病（T1D）はT細胞を介した膵β細胞の破壊によって引き起こされる自己免疫疾患で、その患者の膵臓には好酸球が見られますが、その役割はまだ不明でした。好酸球はガレクチン-10によってT細胞の増殖を抑制することが知られており、好酸球がT1Dにどのような役割を果たしているのかを知るため、CyTOFによる免疫プロファイリングを行いました。その中で、X-shiftクラスタリング解析により、ガレクチン-10を発現する好酸球がT1D患者では健常人に比べて低いことが明らかになり、T1Dにおける好酸球の役割を示す第一歩となりました。 |
ヒト静脈血サンプル 49項目 |
Helios |
肝細胞がん、膵臓がん、がんバイオマーカー |
海外 |
2023 |
5 | Mass cytometry-based peripheral blood analysis as a novel tool for early detection of solid tumours: a multicentre study |
がんの早期発見は、依然としてアンメットニーズの一つであり、かつ高い感度・特異性を備えたアプローチが必要です。
筆者らは、多施設共同で肝疾患患者、膵臓がん患者、健常人の末梢血サンプル2,348件をCyTOFを用いて解析、HCCとPDACそれぞれの疾患早期発見モデルを作成し、PBIScoreを確立しています。
|
40項目, multicenter study |
Helios |
多発性骨髄腫 |
海外 |
2023 |
5 | Mass Cytometry reveals unique phenotypic patterns associated
with subclonal diversity and outcomes in multiple myeloma
|
多発性骨髄腫（Multiple Myeloma, MM）は、形質細胞（Plasma Cell）ががん化する病気であり、腫瘍内のタンパク質ランドスケープを明らかにするため、CyTOFを用いて34項目を検出し、性別、年齢、治療方法及び臨床的な挙動の観点からイムノプロファイリングを行いました。49サンプルを解析した結果、13の メタクラスタを同定し、中でもCD45の上昇とBcl-2の減少が特徴的なメタクラスタ1は治療効果と有意に相関していることをわかりました。筆者らは、検出されたメタクラスタのマーカーが今後標的治療の潜在的なマーカーになる可能性があると示唆しています。 |
34項目、viSNE、臨床試験 |
Hyperion |
がん、免疫、消化管がん、炎症性腸疾患 |
海外 |
2023 |
4 | Deciphering the maturation of tertiary lymphoid structures in cancer and inflammatory diseases of the digestive tract using imaging mass cytometry |
炎症が持続すると、組織内にリンパ節など二次リンパ器官(SLO)に似た、三次リンパ様構造(TLS)と呼ばれる免疫細胞の集合体が発現することがあります。種々の臓器や疾患におけるTLSおよびその成熟性が疾患の予後マーカーにつながるなどの報告もされています。今回筆者らは、消化管がんと炎症性腸疾患における、TLSおよびSLOそれぞれの組織学的特徴を比較するために、IMCを用いて39マーカーについて染色を行い解析を行っています。TLSの成熟度の分類は数種のマーカーで３段階に分類されていますが、今回さらにIMCを用いて多項目の染色を行うことによりその成熟度の指標が機能的にも評価でき、さらにそれらに相関性があることも明らかになっています。 |
39項目 |
Hyperion |
膵管腺癌 |
海外 |
2023 |
4 | [NEW] LYN kinase programs stromal fibroblasts to facilitate leukemic survival via regulation of c-JUN and THBS1 |
慢性リンパ性白血病（CLL）患者の非造血性の微小環境におけるLYNキナーゼの発現を調べるために、Imaging Mass Cytometry 技術を用いて、12人のCLL患者と9人の健常対照者のリンパ節切片を比較しています。 |
6項目＋Cell segmentation kit |
Helios |
膵管腺癌 |
海外 |
2023 |
3 | Tissue-Resident Memory T Cells in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Coexpress PD-1 and TIGIT and Functional Inhibition Is Reversible by Dual Antibody Blockade |
CyTOFとsingle-cell RNA seqを用いて、膵管腺癌患者の腫瘍浸潤 T 細胞集団を特徴付けました。 |
PBMC、 TIL |
Helios |
頭頸部扁平上皮癌 |
日本 |
2023 |
4 | Mature dendritic cells enriched in regulatory molecules may control regulatory T cells and the prognosis of head and neck cance |
以前に、細胞表面にCTLA-4を発現する制御性T（Treg）細胞が頭頸部扁平上皮癌（HNSCC）に豊富に存在することを報告されており、今回は、ＨＮＳＣＣの腫瘍微小環境が、Ｔｒｅｇ細胞、樹状細胞（ＤＣ）、およびインターロイキン（ＩＬ）‐１７関連分子に関連する遺伝子の高発現によって特徴付けられることを明らかにしています。名古屋市立大学、山崎先生らの報告です。 |
D45 barcode |
Hyperion |
がん、Imaging |
海外 |
2023 |
3 | [NEW]IMC-Denoise: a content aware denoising pipeline to enhance Imaging Mass Cytometry |
Imaging Mass Cytometryは、蛍光免疫染色に比べて自家蛍光などのバックグラウンドが少なく多くのマーカーを組織上で一度に解析を行うには非常に有用な方法です。またImaging Mass Cytometryにて取得したデータは、様々な解析ツールを用いて解析を行うことができます。
IMCのデータのみならず、画像データにはノイズが発生してしまうことがあり、大量のデータをある程度自動で解析するにはノイズをノイズと認識し除去できるようなアルゴリズムが有用なツールの一つです。筆者らは、IMC-Denoiseというノイズ除去アルゴリズムを開発しており、本文献で紹介しています。
|
すい臓がん、乳がん、オープンデータセット |
Helios/Hyperion |
臨床研究、データ評価、実験間バッチ |
海外 |
2023 |
3 | [Preprint]Standardization of suspension and imaging mass cytometry readouts for clinical decision making |
MCおよびIMCを用いたシングルセルレベルでの網羅的プロテオミクス解析は、アカデミアの研究においては非常に有用なツールであることは周知が進んできましたが、これらを臨床検査に移行、応用させるには標準化および適切に管理されたプロトコールや、ロバストな実験計画や分析パイプラインが必要です。
筆者らはすでに行ったいくつかの臨床検体および、CyTOFの技術を用いたデータの臨床的な活用を目指し、標準化されたパイプラインの一つを開発した成果を本文献で紹介しています。今回開発されたパイプラインを使用することにより、臨床現場における治療法の選択などにもCyTOFのデータが活用できるとしています.BioRXivの論文ですが、今後のCyTOF技術を研究サイドから臨床サイドへどう活用させていけるのか参考になりそうな文献です。
|
TuPro, Tumor Profiler, Zurich, IMC=40 marker, MC 42 Marker, 39 Marker |
Helios |
頭頸部扁平上皮がん（HNSCC） |
日本 |
2023 |
4 | Mature dendritic cells enriched in regulatory molecules may control regulatory T cells and the prognosis of head and neck cancer |
頭頸部扁平上皮癌（HNSCC）の腫瘍微小環境が、Treg 細胞、樹状細胞 (DC)、およびインターロイキン (IL)-17 関連分子に関連する遺伝子の高発現を特徴とすることを明らかにしました。名古屋市立大学、山崎先生らのグループによるご研究です。 |
CD45バーコード+13 項目 |
Helios |
肝腫瘍 |
海外 |
2023 |
3 | [preprint]LIFR recruits HGF-producing neutrophils to promote liver injury repair and regeneration |
組織修復と腫瘍形成の間の分子的な関連についての研究の報告で、LIFR-STAT3-CXCL1-CXCR2軸とLIFR-STAT3-コレステロール-HGF軸が、肝障害による肝細胞と好中球のクロストークを介し、肝臓を修復・再生することが明らかにしています。 |
12項目、マウス、肝細胞、肝腫瘍抑制因子 |
Helios |
アルツハイマー |
海外 |
2023 |
3 | [preprint]TREM2-dependent senescent microglia conserved in aging and Alzheimer’s disease |
認知症全般、特にアルツハイマー病（AD）は、加齢に伴う疾患です。今回、ハイスループットのマスサイトメトリーによるミクログリア免疫表現型解析を行い、認知機能低下と関連するいくつかの病態において、老化ミクログリアの蓄積を確認しました。 |
11項目、マウス、ミクログリア |
Biomark HD |
病原体検出 |
海外 |
2023 |
3 | Optimization of a high-throughput nanofluidic real-time PCR to detect and quantify of 15 bacterial species and 92 Streptococcus |
2019年と2021年の続報として、肺炎球菌の92種類の血清型（57種類の個別血清型、および16種類の群別血清型に含まれる35種類）と、15種類の他の細菌を1回のリアルタイムPCRランで検出できる包括的なアッセイパネルを開発しました。培養ベースのQuellung法に比べ、時間・感度・コスト・菌生存率の影響などの点で優れた検出手法です。 |
小児鼻咽頭スワブサンプル、96.96 IFC、TaqMan Assay |
Cell Cegmentation, Deep learning algorithm, GUI, |
海外 |
2023 |
3 | YOUPI: Your powerful and intelligent tool for segmenting cells from imaging mass cytometry data |
IMCなどの高次元のデータを解析する際、まず最初の重要なステップとして、細胞セグメンテーションが必要です。弊社からもCell Profilerなどのソフトウェアを提供しておりますが、今回筆者らは、”YOUPI”という細胞セグメンテーションアルゴリズムを開発し本文献にて発表しています。Deep Lerningアルゴリズム(U-NET)に基づいたセグメンテーション技術とGUIを組み合わせたバイオインフォマティシャン以外の方にも使いやすい仕様となっていると筆者らはうたっています。学習に使用したデータについては、唾液腺・腸・小細胞肺がんなど様々な細胞の種類・形状などを用いて不均一性を確保し、このモデルを確立しています。 |
40 項目、多臓器データ、 | |
Helios |
アルツハイマー |
海外 |
2023 |
3 | Alzheimer’s disease as a synaptopathy: Evidence for dysfunction of synapses during disease progression |
「Review」アルツハイマー病におけるシナプスの変化に関する主な所見のいくつかをレビューしています。そしてアルツハイマー病の動物および細胞モデルからわかっていること。まず、シナプスが変化することを示唆する人為的証拠のいくつかを、これがネットワーク活動とどのように関連しているかを含めて簡単に要約しています。 |
Review |
Hyperion |
海外 |
2023 |
3 | Different approaches to Imaging Mass Cytometry data analysis |
Imaging Mass cytometryは40のマーカーを一度に解析できるプラットフォームであり、日々IMCを用いて行われた研究が報告されています。 |
||
Helios |
自己免疫疾患 |
日本 |
2023 |
3 | Celastrol suppresses humoral immune responses and autoimmunity by targeting the COMMD3/8 complex |
これまでにCOMMD3とCOMMD8というタンパクから成る複合体（COMMD3/8複合体）を同定し、COMMD3/8複合体がB細胞の移動と免疫応答の誘導に重要な役割を果たすことを明らかにしています（Nakai et al., J. Exp. Med. 2019）。今回、COMMD3/8複合体が自己免疫疾患の病態の悪化に関わることを見出しました。さらに、抗炎症性の生薬ライコウトウの薬効成分であるセラストロールが、COMMD3/8複合体の機能を阻害することによって、自己免疫疾患の病態を改善することを明らかにしました。この研究から、COMMD3/8複合体が自己免疫疾患の新たな治療標的となり得ることが示されました。（大阪大学鈴木先生研究室より引用させて頂きました。） |
scRNA-Seq |
Helios |
IBD |
日本 |
2023 |
3 | Cholesterol sulfate limits neutrophil recruitment and gut inflammation during mucosal injury |
マウス腸管において、硫酸コレステロール (CS) が潰瘍形成を抑える働きがあることを示しました。今回は、腸管における CS の生理的役割を解明することを目的とし、CS が炎症性好中球に作用し、Rac 活性化因子 DOCK2 を阻害することによって過度の腸の炎症を防ぐことを明らかにしています。CS の投与は、炎症性腸疾患および非ステロイド性抗炎症薬誘発性潰瘍の新しい治療戦略になる可能性を示しています。九州大学生体防御医学研究所の福井先生、森野先生らによる研究成果です。 |
マウス小腸 |
Helios |
PM2.5 |
海外 |
2023 |
3 | Multidimensional Analysis of Lung Lymph Nodes in a Mouse Model of Allergic Lung Inflammation following PM2.5 and Indeno[1,2,3-cd]pyrene Exposure |
PM2.5の曝露が、肺のリンパ節の細胞構成に影響を与えるかどうか調べるために、適応免疫系および自然免疫系に関連するlineageマーカーおよびサイトカインを標的とする抗体パネルを使用し、CyTOFを用いた解析を行っています。 |
マウス, PM2.5, house dust mite (HDM) |
Helios |
新生児消化管疾患 |
海外 |
2023 |
2 | Single cell analysis via mass cytometry of spontaneous intestinal perforation reveals alterations in small intestinal innate and adaptive mucosal immunity. |
米国では、妊娠の 10% が妊娠 37 週未満の早産につながり、未熟児の合併症が 5 歳未満の死亡率の主な原因となっており、その中でも自然発生腸穿孔 (SIP) および壊死性腸炎 (NEC) は、高い罹患率、死亡率、および経済的負担を伴う未熟児の胃腸合併症とされています。SIPの病因研究については、炎症性サイトカインなどの上昇がみられるなどの報告もありますが、まだまだ分かっていないことも多くあります。本論文では、胎児および新生児のSIPおよびNEC小腸細胞をCyTOFを用いて解析を行っています。さらにいくつかの実験より、SIPの発生時、小腸において通常とは違う自然免疫および獲得腸管免疫機構が存在することを示唆しています。 |
CyTOF: 37 項目 胎児・新生児 小腸 |
Juno |
作物病原体 |
海外 |
2023 |
2 | A highly multiplexed assay to monitor pathogenicity, fungicide resistance and gene flow in the fungal wheat pathogen Zymoseptoria tritici |
病原性および殺菌剤耐性遺伝子をターゲットとする 798 遺伝子座をマイクロフルイディクス ベースのアンプリコンを調整し シーケンスを行っています。作物病原体のゲノムモニタリングが、より持続可能な作物保護と収量に貢献することを示しています。 |
・殺菌剤耐性遺伝子のSNP ・マルチプレックス PCR ・Juno LP 192.24 |
CyTOF 2 |
神経膠芽腫 |
海外 |
2023 |
2 | FGL2-targeting T cells exhibit antitumor effects on glioblastoma and recruit tumor-specific brain-resident memory T cells |
フィブリノーゲン様 2 (FGL2) 特異的な単鎖可変フラグメント (T-αFGL2) を発現する T 細胞が、神経膠芽腫（こうがしゅ）の腫瘍特異的な脳常駐 CD8 + T RM細胞が脳腫瘍の再発防止に有望な意味を持つ可能性があることを示唆しています。 |
・37項目 ・マウス |
Hyperion |
肺腺癌 イメージング |
海外 |
2023 |
2 | Single-cell spatial landscapes of the lung tumour immune microenvironment |
イメージングマスサイトメトリーを適用して、肺腺癌患者 416 名から採取したサンプルの腫瘍と免疫学的状況を 5 つの組織学的パターンにわたって特徴付けしています。160 万個を超える細胞を解析し、生存率を含む明確な臨床相関を伴う免疫系統と活性化状態の空間分析を可能にしています。ディープラーニングを活用することで、1ｍ㎡の患者の術後進行状況を高精度に予測しました。 |
35項目 肺腺癌 コホート |
Hyperion |
大腸がん |
海外 |
2023 |
2 | CD103 and CD39 coexpression identifies neoantigen-specific cytotoxic T cells in colorectal cancers with low mutation burden |
大腸がん（CRC）において、Imaging Mass Cytometry技術を用い、腫瘍組織の上皮および間質領域におけるCD103+CD39+CD8＋T細胞の局在を調べ、腫瘍浸潤CD8＋T細胞のうちCD103+CD39+集団による浸潤を定量化しています。 |
大腸がん, 40項目 |
Helios |
膵管腺癌 |
海外 |
2023 |
1 | Modulation of myeloid and T cells in vivo by Bruton’s tyrosine kinase inhibitor ibrutinib in patients with metastatic pancreatic ductal adenocarcinoma |
膵管腺癌（PDAC）において、イブルチニブ療法開始前後のさまざまな時点におけるPDAC患者の凍結PBMCにおいて、CyTOFを用いて、それぞれの免疫細胞の存在比と機能状態の変化を評価しています。 |
凍結PBMC |
Helios |
再生不良性貧血 |
海外 |
2023 |
1 | Mass cytometry analysis identifies T cell immune signature of aplastic anemia and predicts the response to cyclosporine |
再生不良性貧血（aplastic anemia, AA）において、治療を受けていない非重症AA患者30人、シクロスポリン投与後の患者7人、健常者4人の計41人の骨髄サンプルにおいて、T 細胞の表現型および機能に関連する表面および細胞内マーカーのパネルを用いて、CyTOFによりT細胞の免疫シグネチャーを分析しています。 |
骨髄サンプル 31項目 |
Helios |
妊娠高血圧腎症、免疫プロファイリング、制御性B細胞様細胞 |
海外 |
2023 |
1 | Phenotypic and functional alteration of CD45+ immune cells in the decidua of preeclampsia patients analyzed by mass cytometry (CyTOF) |
妊娠高血圧腎症（Preeclampsia; PE）は胎盤に関連した重篤な妊娠疾患であり、母体の全身性炎症や免疫系障害と関連していますが、母体と胎盤の境界面における免疫細胞の分布はまだ不明です。CyTOFを用いて、脱落膜組織における免疫アトラスを調査した結果、B細胞はPE患者で有意に減少しており、中でもCD27+CD38+制御性B細胞（Breg）様細胞の減少がPEにおける免疫活性化を強化すると報告しています。一方で、遊走するB細胞は増加しており、ケモカインCXCR5の過剰発現がB細胞の過剰活性化を引き起こし、自己抗体が過剰に産生されることでPEを発症すると示唆されました。抗体を解する自己免疫疾患を）と関連していると想定され、過剰な自己抗体の生成とPEの病態が引き起こされると示唆されています。 |
ヒト脱落膜組織 42項目 |
Helios |
間質性肺炎
膠原病
|
日本 |
2023 |
1 | [Pre-Print] Mass cytometry identifies characteristic immune cell subsets in bronchoalveolar lavage fluid from interstitial lung diseases |
間質性肺炎の免疫病態を明らかにするために、特発性肺線維症(IPF)および膠原病に伴う間質性肺疾患（CTD-ILD）の患者BALFを解析しています。
解析の結果、T細胞、B細胞、単球でそれぞれの疾患に特徴的な変化を同定しました。
|
Human BALF CD45 live cell barcoding T cell Panel (37項目) B cell/Myeloid Panel (34 項目) |
Helios |
COVID-19 |
海外 |
2023 |
1 | A sex-biased imbalance between Tfr, Tph, and atypical B cells determines antibody responses in COVID-19 patients |
コロナウィルス感染症患者の免疫反応に性差があることを発見しました。
|
Human 凍結PBMC |
Helios |
自己免疫疾患 |
日本 |
2023 |
1 | The proliferative activity levels of each immune cell population evaluated by mass cytometry are linked to the clinical phenotypes of systemic lupus erythematosus |
不均一な自己免疫疾患である全身性エリテマトーデス (SLE) は多くの末梢免疫細胞集団 (ICP)が疾患の経過に応じて変化すると考えられておりますが、どのICPがSLE の臨床表現型に関連しているかは不明です。今回マスサイトメトリーを使用して 28 人の SLE 患者の末梢血単核球 (PBMC) を分析し、30 個の ICP を特定しました。大阪大学熊ノ郷先生らの報告です。 |
39項目、サイトカイン同時測定の工夫 |
Hyperion |
大血管炎 |
海外 |
2023 |
1 | Somatostatin Receptor PET/MR Imaging of Inflammation in Patients With Large Vessel Vasculitis and Atherosclerosis |
大血管炎 (LVV) は、慢性の再発性および寛解性の全身性炎症性疾患であり、大動脈およびその主要分岐動脈に主に病変が認められる疾患です。
筆者らは、以前にソマトスタチン2(SST2)受容体がアテローム性動脈硬化症における、炎症活動性をモニターできる可能性を報告しており、今回はその仮説に基づき、今後の大血管炎の診断および治療モニタリングへの活用の可能性を検証しています。
それらの検証実験の評価の一つとしてEx vivoにて血管組織におけるSST2受容体の局在や、近傍に浸潤する細胞種などをIMCを用いて解析を行っています。
|
大血管炎、クリニカルトライアル、RIPPLE、10項目 |
Hyperion |
腫瘍免疫微小環境 |
海外 |
2023 |
1 | A comprehensive single-cell map of T cell exhaustion-associated immune environments in human breast cancer |
乳がんにおける免疫チェックポイント阻害薬を用いた治療は、トリプルネガティブの患者さんなどに対象が限定されていますが、免疫チェックポイント阻害薬がターゲットにしているT細胞の疲弊について、乳がんにおいてはまだよくわかっていません。
筆者らは、シングルセルRNAシークエンス(sc-RNAseq)とイメージングマスサイトメトリー(IMC)などの手法を組み合わせ、乳がん組織における、Ｔ細胞疲弊の兆候有無による腫瘍免疫微小環境の変化を体系的に分析しています。
今回の解析により、T細胞疲弊の兆候の有無で、異なる免疫回避のメカニズムがあることを示唆しています。
|
乳がん、腫瘍免疫微小環境、exhausted T細胞、44項目、RNAscope |
Hyperion |
がん免疫 γδ T細胞 |
海外 |
2023 |
1 | γδ T cells are effectors of immunotherapy in cancers with HLA class I defects |
特殊な免疫細胞が免疫系の従来の防御メカニズムには「見えない」癌を検出して除去する方法を発見しています。この新知見は、新しいがん免疫療法につながる可能性があり、特に「従来の」T細胞による除去を受けにくいがんの治療に重要であるとしています。 |
結腸直腸がん、γδ T細胞、41項目 |
Hyperion |
マウス固形がん |
海外 |
2023 |
1 | A 31-plex panel for high-dimensional single-cell analysis of murine preclinical models of solid tumors by imaging mass cytometry |
幅広いがん腫に対応するマウス固形がん解析用のパネル(31項目)を作成し、実際に皮膚がんモデル、腸管腫瘍モデルなどを用いて検証しました。 |
マウス小腸 |
Helios |
多発性硬化症 |
海外 |
2023 |
1 | Ocrelizumab Impairs the Phenotype and Function of Memory CD8+ T Cells: A 1-Year Longitudinal Study in Patients With Multiple |
オクレリズマブ投与直前、治療開始から6カ月後および12カ月後に採取した血液から分離した、多発性硬化症患者PBMCにおいて、CyTOFを用いて、B細胞、T細胞、その他自然免疫細胞マーカーおよびCNS遊走マーカーを分析しています。 |
凍結PBMC、 38項目 |
Helios |
プロトコル |
海外 |
2022 |
12 | Using mass cytometry for the analysis of samples of the human airways |
CyTOF を用いた研究で、血液からではなく、気管支肺胞洗浄液 (BALF) および鼻ポリープ (NP) の細胞の処理、標識、取得のワークフローを最適化しています。これにより呼吸器感染症など大きなコホートでの異なるサンプルの比較分析が可能になることを示してします。 |
The Maxpar Direct Immunoprofiling Assay (MDIPA) 30 +3項目 組織から |
Helios |
炎症性腸疾患 |
国内 |
2022 |
12 | Identification of a unique subset of tissue-resident memory CD4+ T cells in Crohn’s disease |
炎症性腸疾患であるクローン病患者特異的に、CD4＋CD103＋CD161＋CCR5＋組織常在性記憶T細胞（Trm）が有意に増加していることをマスサイトメトリーで同定しました。このサブセットによる細胞傷害性と向炎症性がクローン病の病原であることが示されています。大阪大学の竹田潔先生のグループから発表されました。 |
・ヒト腸管サンプル ・30項目 |
EP1 |
SNP Genotyping スギ |
日本 |
2022 |
12 | Genetic analysis distinguished new natural population and old plantations of Cryptomeria japonica |
福井県青葉山のスギが天然由来であるかを調べるため、249個のSNPマーカーと20個のSSRマーカーで遺伝子解析を行いました。高頻度多型のSNPジェノタイピングで遺伝構造解析により遺伝的地域性を評価しています。筑波大学と森林総合研究所の共同研究グループから発表されました。 |
スギ , SNP Type Assay |
Helios |
創傷治癒 |
海外 |
2022 |
12 | Elevated CD47 is a hallmark of dysfunctional aged muscle stem cells that can be targeted to augment regeneration |
加齢による骨格筋再生メカニズムの変化を、骨格筋幹細胞のsingle-cell-RNA-seqとCyTOFを用いて解析しています。 |
single cell RNA-seq マルチオミクス解析 35項目 |
Helios, Hyperion |
膀胱がん |
海外 |
2022 |
12 | TP53-related signature for predicting prognosis and tumor microenvironment characteristics in bladder cancer: A multi-omics study
|
腫瘍抑制遺伝子TP53は、膀胱がんにおいても高頻度で変異や不活性化が見られ、他の癌ど同様に病因・病態に深く関与していることがすでに分かっています。こちらの論文では、計30種のTP53に関連する遺伝子発現をもとに患者ごとにスコアリングを行い、TP53スコアが高いグループと低いグループ間における腫瘍免疫微小環境の不均一性をCytOFとIMC両方を用いて解析を行っています。結果、両グループ間においては病理学的にも分子的にも明確な異なる特徴があることを示唆しています。 |
BLCA tissue and NAT CyTOF:35 marker IMC:33 marker p53 |
Helios |
海外 |
2022 |
11 | Adaptive single-KIR+NKG2C+ NK cells expanded from select superdonors show potent missing-self reactivity and efficiently control HLA-mismatched acute myeloid leukemia |
NK細胞の表現型と機能の評価に、CyTOFが用いられています。また、NKG2C+NK細胞の拡張前および拡張後の適応状態を評価するために、広範な表現型解析が行われています。 |
NK細胞 AML 39項目 | |
Helios |
がん |
海外 |
2022 |
11 | Direct AKT activation in tumor-infiltrating lymphocytes markedly increases interferon-γ (IFN-γ) for the regression of tumors resistant to PD-1 checkpoint blockade |
CyTOFを用いて、様々な腫瘍浸潤リンパ球（TIL）サブセットにおけるリン酸化AKT媒介シグナル伝達イベントが調べられています。 |
TIL |
Helios |
自己免疫疾患 |
海外 |
2022 |
11 | The frequency of Treg subsets distinguishes disease activity in ANCA vasculitis |
抗好中球細胞質自己抗体 (ANCA) 血管炎では、Treg の抑制能力が低下しますが、抑制能力はサブセット間で異なります。カスタム マスサイトメトリー パネルを開発し、健常対照者、活動性疾患の患者、および寛解期の Treg の詳細な免疫プロファイリングを実施しました。CXCR3 + Treg の頻度によって、腎病変を伴う活動性疾患の患者が区別されました。 |
PBMC Treg 28項目 |
Helios |
自己免疫モデル |
国内 |
2022 |
11 | Symbiotic bacteria-dependent expansion of MR1-reactive T cells causes autoimmunity in the absence of Bcl11b |
非標準的な MR1 反応性 T 細胞の生理学的/病理学的機能解明を行っています。scRNA-SeqやCyTOFなどにより、MR1反応性T細胞の共生細菌依存性増殖は、Bcl11bの非存在下で自己免疫を引き起こすことを示しています。大阪大学山﨑先生のグループから発表されました。 |
マウス 33項目 |
Helios |
神経疾患 |
海外 |
2022 |
11 | Senescent-like Blood Lymphocytes and Disease Progression in Amyotrophic Lateral Sclerosis |
筋萎縮性側索硬化症（ALS）患者PBMCを解析し、老化細胞と似た血球細胞が健常者と比較してどのように増減するか比較しています。 |
PBMC 34項目 |
Helios |
がん |
海外 |
2022 |
10 | Immune-infiltrating signature-based classification reveals CD103+CD39+ T cells associate with colorectal cancer prognosis and response to immunotherapy |
CyTOFを用いて、大腸がん (CRC) における腫瘍サンプルの詳細な免疫プロファイリングを行っています。 |
大腸がん 41項目 |
Helios |
肝細胞癌 |
海外 |
2022 |
10 | IFNγ−IL-17+ CD8 T cells contribute to immunosuppression and tumor progression in human hepatocellular carcinoma |
CyTOFを用いて、ヒト HCC で優先的に濃縮された 2 つの IFNγ +および IFNγ – Tc17 サブセットの特徴的な免疫学的表現型を明らかにしました。またsc RNA-Seqにより、これらの Tc17 サブセットの異なる表現型を支配する調節回路がさらに明らかになりました |
38項目 、scRNA-Seq |
Hyperion |
B 細胞悪性腫瘍 |
海外 |
2022 |
10 | Viral transduction of primary human lymphoma B cells reveals mechanisms of NOTCH-mediated immune escape |
NOTCH パラログが、オートクリン インターフェロン γ シグナル伝達に部分的に依存して、PD-L1 をアップレギュレートすることにより、悪性 B 細胞の免疫逃避を促進することを示し、 NOTCH を介した免疫逃避メカニズムは、in vivo で消耗した CD8 + T 細胞の増殖と関連をHyperionの結果にて示しています。 |
７項目 、RNA-Seq、 ChIP-Seq |
Helios |
ワクチン
エピジェネティクス
|
国内 |
2022 |
10 | Consecutive BNT162b2 mRNA vaccination induces short-term epigenetic memory in innate immune cells |
COVID-19に対するBNT162b2 mRNAワクチンの連続的接種の効果を、マスサイトメトリー、RNA-seq、ATAC-seqで調べた論文です。マスサイトメトリーでは、白血球の各サブセットの割合変化を網羅的に見ることで、単球でのI型IFN特異的免疫反応の活性化が、1回目よりも2回目の接種の方がより強く増強されていたことがわかりました。大阪大学の熊ノ郷先生のグループから発表されました。 |
・ヒト全血 ・30項目（MDIPA）＋13項目 |
Helios |
Suspension-MassCytometry アレルギー |
海外 |
2022 |
10 | Cytometric analysis reveals an association between allergen-responsive natural killer cells and human peanut allergy |
ピーナッツアレルギー患者では、ピーナッツタンパク質（アレルゲン）によって活性化されるNK細胞集団があることをマスサイトメトリーによって同定しています。 |
小児PBMC、 39項目 |
Hyperion |
がん |
海外 |
2022 |
10 | Multiplexed imaging mass cytometry reveals distinct tumor-immune microenvironments linked to immunotherapy responses in melanoma |
Imaging Mass Cytometry技術を用い、抗PD-1療法を受けた進行期黒色腫患者における腫瘍サンプルにおいて、がん細胞の近傍の様々な免疫細胞および間質細胞の構成と空間的配置を探索しています。 |
黒色腫 35項目 |
Helios |
データ解析 |
海外 |
2022 |
10 | Integrated T cell cytometry metrics for immune-monitoring applications in immunotherapy clinical trials |
CyTOFデータ解析にscRNA-seqで使用される細胞の遷移状態の解析：軌道推定(Trajectory inference)、Pseudo-time analysisを応用し、過去に発表された論文データを使用しながら再解析しています。 |
|
Helios |
scRNA-seq, CyTOF, CITE-seq |
海外 |
2022 |
10 | Comprehensive Characterization of theMultiple Myeloma Immune MicroenvironmentUsing Integrated scRNA-seq, CyTOF, and CITE-seq Analysis |
多発性骨髄腫研究財団(MMRF)のImmune Atlas Pilot Projectの一環として、多発性骨髄腫患者の髄液18検体を用い、シングルセル解析技術(sc-RNAseq, CyTOF, CITE-seq)それぞれの相関性を比較しています。結果として、細胞のタイプとしては、３つの技術でほぼ相関性が取れていましたが、T細胞、マクロファージ、単球においては、ばらつきが確認されたと報告しています。 |
39 marker, bone marrow sample |
Hyperion |
がん |
海外 |
2022 |
10 | Spatially variant immune infiltration scoring in human cancer tissues |
Imaging Mass Cytometry技術を用い、26項目のパネルを使用して、腫瘍免疫の構造を可視化し、肺癌における免疫浸潤を定量化しています。 |
肺癌 IMC: 26項目 |
Helios |
HIV |
海外 |
2022 |
10 | The potential role of exosomal miRNAs and membrane proteins in acute HIV-infected people |
miRNAシーケンスとCyTOFを用いて、TPs (typical progressors) およびRPs (rapid progressors) の病態形成に関与するエクソソームmiRNAと膜タンパク質を同定しました。 |
血漿エクソソーム |
Helios |
CyTOF |
海外 |
2022 |
9 | Mass cytometry-based peripheral blood analysis as a novel tool for early detection of solid tumours: a multicentre study |
CyTOFの高次元プロファイリング能力を利用して約2000人の末梢血の免疫細胞集団の違いを発見し、その後、このプロセスで選択したパラメータを使用して、比較的高い感度と特異性を持つ腫瘍検出モデルを生成しました。 |
CyTOF:40項目 |
Biomark HD |
qPCR |
海外 |
2022 |
9 | Prenatal transcript levels and metabolomics analyses reveal metabolic changes associated with intrauterine growth restriction and sex |
ブタ胎仔の子宮内発育不全（IUGR）に関与する分子経路およびメタボロームの解明のため、マイクロアレイ発現解析のバリデーションおよびmiRNAの発現解析にハイスループットqPCRを使用しています。 |
48.48 GE IFC 、Delta Gene Assay 、25項目（miRNA含む） |
Helios |
CyTOF |
海外 |
2022 |
9 | High-dimensional Single-cell Analysis Delineates Peripheral Immune Signature of Coronary Atherosclerosis in Human Blood |
動脈硬化における微小空間の炎症・免疫反応を解析し、CASとASCVDを見分けるバイオマーカーの探索を行っています。 |
T cell 42項目 Myeloid 41項目 |
Biomark HD |
qPCR |
国内 |
2022 |
9 | Application of a high-throughput quantitative PCR system for simultaneous monitoring of SARS-CoV-2 variants and other pathogenic viruses in wastewater |
COVID-19)（変異体含む）および病原性ウイルスをハイスループットqPCRを用いて、感染状況を把握する手法として、下水サンプルからの検出方法を確立しています。山梨大学原本先生らの研究です。詳しくは弊社アーカイブWebinarをご覧ください。 |
感染症 48.48 IFC |
Hyperion |
CyTOF |
海外 |
2022 |
7 | Topological analysis of hepatocellular carcinoma tumour microenvironment based on imaging mass cytometry reveals cellular neighbourhood regulated reversely by macrophages with different ontogeny |
肝細胞癌(HCC)の腫瘍微小環境（TME）における周辺環境(CN)をHyperionを用いて解析・定義し、新規免疫療法の標的を探索しています。 |
HCC患者 FFPE 36項目 |
Helios |
CyTOF |
海外 |
2022 |
7 | Transgenic expression of IL-7 regulates CAR-T cell metabolism and enhances in vivo persistence against tumor cells |
CyTOFを用いて、CD28由来の共刺激ドメインを持ち、IL-7を分泌する、CD19標的CAR-T細胞の表現型および代謝プロファイルを、従来のCAR-T細胞と共に単一細胞レベルで評価しています。 |
CAR-T 34項目 |
Hyperion |
サル類 |
海外 |
2022 |
7 | An imaging mass cytometry immunophenotyping panel for non-human primate tissues |
アカゲザルおよびカニクイザルの扁桃腺・肺組織において、18項目のパネルを構築し、主要な白血球サブセットを識別しています。 |
サル類 扁桃腺・肺 18項目 |
Biomark |
qPCR |
海外 |
2022 |
6 | High Throughput Screening of Antimicrobial Resistance Genes in Gram-Negative Seafood Bacteria |
魚介類細菌の抗菌薬耐性遺伝子（AMR）と移動性遺伝要素の調査のために、Biomarkにて 96.96 IFCを使用し、グラム陰性菌におけるプラスミドレプリコン、インテグロン、挿入配列を含む 41 の耐性遺伝子と 33 の遺伝要素の存在を同時検出しています。 |
海洋学 96.96 IFC |
Hyperion |
CyTOF |
海外 |
2022 |
5 | Multi-Scale Spatial Analysis of the Tumor Microenvironment Reveals Features of Cabozantinib and Nivolumab Efficacy in Hepatocellular Carcinoma |
カボザンチニブとニボルマブの併用療法に応答・非応答の肝細胞癌（HCC）において、特定の細胞型のマーカーと機能マーカーの27項目のパネルを用い、空間特性を調べるため、Imaging Mass Cytometry 技術が用いられています。 |
HCC 27項目 組織マイクロアレイ（TMA） |
Helios |
CAR-T治療 |
海外 |
2022 |
6 | Decade-long leukaemia remissions with persistence of CD4+ CAR T cells |
慢性リンパ性白血病（CLL）に対するCAR-T療法を受け、完全寛解を達成した2症例の長期予後に関する報告であり、その解析手法の一つとしてCyTOFが用いられています。
2010年、再発性・難治性CLL患者を対象に、CAR-T細胞であるCTL019の第I相臨床試験が行わましたが、今回の研究では、この臨床試験に参加して完全寛解を達成した2症例を10年間にわたり追跡し、T細胞の変化を分析しています。その結果、投与されたCAR-T細胞は10年にわたり体内に残存していることが判明しました。
|
・免疫細胞プロファイリング ・42マーカー |
Helios |
全身性エリテマトーデス |
海外 |
2022 |
5 | Longitudinal Immune Cell Profiling in Patients With Early Systemic Lupus Erythematosus |
全身性エリテマトーデス（SLE）の早期診断の指標を得るため、入手しやすい血液サンプルから早期SLE患者の免疫細胞集団の変化をCyTOFで縦断的に測定し、t-SNEによる次元削減と、FlowSOMによる機械学習クラスタリングによって、偏りなく免疫細胞サブセットを識別しました。その結果、SLE初期に増加する複数のサブセットにはKi-67を発現する共通の特徴があり、発表後濾胞ヘルパーT細胞や老化関連B細胞と共に発病後一貫して増加し続けていることがわかりました。 |
・免疫プロファイリングパネル 39項目 ・T細胞/単球パネル 39項目 ・B細胞パネル 38項目 |
Hyperion |
CyTOF |
海外 |
2022 |
4 | Spatially mapping the immune landscape of melanoma using imaging mass cytometry |
黒色腫の微小環境内における複数の細胞型の空間的関係を分析するため、Imaging Mass Cytometry 技術を用いて、メラノーマ細胞や免疫細胞の空間配置、相互の近接性を調べています。(Scienceの表紙に結果が採用されています。) |
黒色腫 35項目 |
Helios |
CyTOF |
日本 |
2022 |
4 | Intensive single-cell analysis reveals immune-cell diversity among healthy individuals |
免疫細胞プロファイルに対するワクチン接種の影響を、CyTOFやscRNA-seq を使用して測定した、単一細胞レベルでの健康な成人の免疫プロファイルの不均一性の観察について説明しています。また、トランスクリプトームとCyTOFで取得したプロテオームのデータの間に高い相関関係についても述べられています。 |
scRNA-Seq, CyTOF, MDIPA(30項目) |
Hyperion |
CyTOF |
海外 |
2022 |
4 | Multiplexed imaging mass cytometry of the chemokine milieus in melanoma characterizes features of the response to immunotherapy |
黒色腫において、複数のケモカインの発現と機能を特徴づけるため、Imaging Mass Cytometry 技術を用いて、タンパク質およびRNAを共検出し、黒色腫におけるケモカインの発現と免疫浸潤を調べています。 |
黒色腫 タンパク質およびRNAの共検出 |
Hyperion |
RNA-Protein |
海外 |
2022 |
4 | Multiplexed imaging mass cytometry of the chemokine milieus in melanoma characterizes features of the response to immunotherapy |
黒色腫におけるケモカインの発現と機能を広範に特徴付けるために、タンパク質とRNAの発現の両方を、マスサイトメトリーベースのイメージングを使用して、転移性黒色腫サンプルにおけるケモカインと免疫浸潤を解析しています。 |
RNAscope |